Bunda Teresa menderita serangan jantung ketika di Roma pada tahun 1983, saat mengunjungi Paus Yohanes Paulus II. Setelah serangan kedua pada tahun 1989, beliau menerima alat pacu jantung buatan. Pada tahun 1991, setelah berjuang melawan pneumonia saat di Meksiko, beliau menderita masalah jantung lebih lanjut. Beliau menawarkan untuk mengundurkan diri dari posisinya sebagai kepala Misionaris Cinta Kasih, tetapi para biarawati ordo dalam sebuah pemungutan suara yang rahasia, memilihnya untuk tetap menjabat. Bunda Teresa sepakat untuk melanjutkan pekerjaannya sebagai kepala ordo.

Pada April 1996, Bunda Teresa jatuh dan mematahkan tulang selangkanya. Pada bulan Ogos, beliau menderita malaria dan gagal jantung di ventrikel kiri. Beliau menjalani operasi jantung tetapi sudah jelas bahwa kesehatannya menurun. Beliau dirawat di sebuah rumah sakit di California, dan ini telah menghasilkan beberapa kritik.[45] Uskup Agung Calcutta, Henry Sebastian D'Souza mengatakan, beliau memerintahkan seorang pendeta untuk melakukan eksorsisme kepada Bunda Teresa atas izinnya saat beliau pertama kali dirawat di rumah sakit dengan masalah jantung karena beliau pikir mungkin beliau diserang oleh iblis.[46]